江西省兒童醫院始建于1955年6月1日，是一所集醫療、科研、教學、保健職能為一體的全國首批三級甲等、省級綜合性兒童醫院，是我省兒科醫學人才培養、教學基地，省級危重新生兒救治中心、江西省突發事件緊急醫學救援兒科救治基地。

醫院現有兩個院區。紅谷灘院區位于紅谷灘新區碟子湖大道1666號，占地103.57畝，建筑面積20萬平方米，編制床位1600張，現開放床位1149張；東湖院區位于南昌市陽明路122號，占地面積48.75畝，建筑面積6.33萬平方米，搬遷后東湖院區保留門、急診及兒童保健科、康復科，編制床位240張，現開放床位100張。兩院區同質化管理，同步運行。

醫院設有臨床、醫技科室56個。其中兒科重癥（急診醫學部）為首批國家臨床重點建設?？?；小兒普外科、神經內科、骨科、檢驗科（遺傳）、呼吸內科、內分泌遺傳代謝科、小兒重癥監護科、腎內科、血液科、江西省小兒心臟病治療中心、新生兒外科是江西省醫學領先學科；新生兒（遺傳代謝篩查）是江西省醫學領先專業建設學科；江西省小兒康復中心是原省衛生廳批準的兒科防治技術中心；江西省醫院感染、兒童血液病、兒科重癥等三個專業醫療質量控制中心掛靠醫院。

近年來，醫院有95項科研成果分別達到國際先進、國內領先水平或先進水平；42余項科研成果分別獲得國家和省、廳級科技成果獎；12項課題在國家自然科學基金項目立項。開展的新技術《微創技術在新生兒先天性消化道畸形診治中的應用》獲2017年江西省科學技術進步一等獎。醫院被確定為首批國家級住院醫師規范化培訓基地、國家級兒科專業住院醫師規范化培訓骨干師資培訓基地、國家住院醫師規范化培訓重點專業基地、國家藥物臨床試驗機構（GCP）、國家呼吸系統疾病臨床醫學研究中心分中心、江西省兒童感染性疾病臨床醫學研究中心、江西省兒童遺傳代謝性疾病臨床醫學研究中心、江西省兒童生長性疾病檢測與干預中心。醫院擁有江西省兒童發育與遺傳重點實驗室、江西省衛生健康兒童心血管疾病重點實驗室。

醫院是全省唯一的兒科、兒外科住培結業省臨床實踐能力考核基地?，F擁有兒科及兒外科等6個國家級住培專業基地、2個國家級?？漆t師培訓基地。醫院還承擔著全省住院醫師規范化培訓、全省兒科轉崗培訓、省內外進修醫護人員學習等各類教學工作，為全省各級醫療機構培訓兒科醫務人員。醫院是南昌大學兒科學博士、碩士研究生培養單位，近年來培養了兒科學專業博士及碩士研究生200余名。

醫院與江西省兒童醫學研究所合署辦公，該中心實驗室已建成“兒童遺傳病分子與兒童白血病診斷與研究平臺”“細胞生物學、分子生物學和遺傳學科研平臺”，并建立了全省第一個兒童組織樣本庫。兒研所已與復旦大學附屬兒科醫院合作建立了“兒童精準醫學聯合實驗室”。

2016年，醫院牽頭成立“江西省兒童醫療聯盟”，吸納省內外23家成員單位及79家協作單位加入聯盟。

2019年，醫院掛牌南昌大學附屬兒童醫院、南昌大學兒科醫學院。

2020年，醫院成為國家兒童醫學中心（北京）的協作醫院。

2021年，醫院平穩有序整體搬遷至紅谷灘院區，完成醫院自創建以來的首次搬遷。

2022年，省衛生健康委正式批復南昌醫學院附屬兒童醫院為我院第二名稱。

2022年，由江西省兒童醫院托管共建的“江西省兒童醫院深圳禾正兒科中心”正式掛牌。

六十余載風雨歷程，幾代兒院人不懈努力，醫院不斷發展壯大，先后被授予“愛嬰醫院”“全國文明單位”“全國衛生系統先進單位”“全國職工職業道德建設先進單位”、全國首批“百姓放心示范醫院”“全國醫院文化建設先進單位”“全國醫療服務創新醫院”等榮譽稱號。

全院干部職工始終堅持“一切為了兒童健康”的宗旨，弘揚“仁愛、務實、求精、創新”的精神，肩負“醫療、科研、教學、保健”的責任，不斷加強醫療服務能力建設，竭誠為群眾提供安全、有效、方便、價廉的醫療衛生服務，為決勝全面建成小康社會，建設和諧平安健康江西作出不懈努力。